Flora
La vegetación dominante forma parte de lo que se denomina bosque andino patagónico y gradualmente hacia al este se transforma en una estepa.
Altitudinalmente hay una distribución de la vegetación, en la que predominan los matorrales de lenga entre la línea de nieve y los 1600 a 1400 m. Por debajo de esa altura y hasta alrededor de los 1100 m. la lenga presenta porte arbóreo.
Desde esa altura y hasta el nivel del lago, las especies dominantes en el bosque son el ciprés y el coihue.
El bosque de coihue está, en general, restringido a una angosta franja que rodea los lagos. A escala del observador parece sin embargo, el más abundante. Lo que sucede en realidad, es que la mayoría de los caminos fueron trazados cerca de las costas de los lagos y atraviesan estos bosques.
El gradiente pluviométrico origina el ecotono, sector de gran valor por las comunidades que alberga y por la riqueza de especies, representativa de uno y otro sistema, sumadas a las propias del sector de transición, que deben ser conservados, considerándolos como sistemas ambientales complejos, no sólo como bosques, cañaverales o pastizales.
Las estepas se ubican en el fondo de los valles, como en el sector oriental del río Traful, y alternan la presencia de bosques, matorrales y pastizales.
Especies
Las especies arbóreas de mayor abundancia relativa que existen en la región norpatagónica son :
- Ciprés de Cordillera
- Coihue
- Lenga
- Ñire
- Notro
- Radal
Flores
- Lupino
- Chilco
- Topa Topa
- Mutisia
- Amancay
Fauna
Según el Licenciado Carlos Martín, en el Parque existen aproximadamente un millar de especies vegetales superiores, unas 200 especies de vertebrados, y una cifra que ni siquiera se puede estimar de especies de invertebrados y de plantas celulares (líquenes, hongos, musgos, algas, etc.).
Por otra parte, existen varias especies de fauna que son endémicas del Parque, es decir que sólo viven dentro de algunos biotopos típicos de este ecosistema.
Otras especies están siendo estudiadas, y se afirma que pueden hallarse otras que aún no hallan sido descriptas.
Algunas especies introducidas, han competido con las autóctonas y resultan de gran interés por su valor deportivo como las truchas, el ciervo colorado, la liebre europea, el jabalí y la codorniz de California.
Fauna ictícola
Los peces autóctonos, como el puyén chico y grande, el otuno o bagre aterciopelado, bagre de los torrentes, percas boconas y de boca chica, conviven con especies introducidas o exóticas como la trucha marrón, arco iris, de arroyo y el salmón encerrado.
Las especies de mayor valor deportivo son:
- Trucha Arco Iris
- Salmón Encerrado
- Trucha de Arroyo o Trucha Fontinalis
- Trucha Marrón
- Perca
Aves y mamíferos
Las aves son el grupo más numeroso en cuanto a especies, aunque el número de ejemplares por especie no es muy grande.
- Churrín
- Chucao
- Huet huet
- Rayadito
- Picolezna patagónico
- Carpintero negro
- Pitío
- Carpinterito Patagónico
- Ñacurutú
- Caburé
- Esparvero
- Zorzal patagónico
- Peutrén
- Fío fío
- Comesebo
- Cabecita negra
- Tordo patagónico
En el ámbito altoandino de esta zona, aunque poco relevada, se ha constatado la presencia de cóndores, águilas moras y otras aves rapaces.
En los bosques ecotonales al este del área se detecta el ingreso de aves asociadas a climas más áridos, como el pecho colorado, tordo común, fingilo negro, pico de plata y otros.
Mientras que en los ambientes acuáticos conviven diversas especies de patos: pato de anteojos, pato de vapor, pato overo, pato zambullidor grande y el pato de los torrentes.
Protección de especies
Al menos 15 de las 200 especies de vertebrados representadas en el Parque, se consideran críticas o de alta prioridad de protección.
Algunas se hallan en peligro de extinción, o el grado de amenaza que pesa sobre distintas especies es muy grande; en otras su vulnerabilidad se debe a una distribución muy restringida, o porque no están protegidas en ningún otro Parque; y también deben considerarse las particularidades ecológicas que le conferían valor especial a algunas especies, como el huillín, el huemul, el pudú; la rana del Challhuaco y varios anfibios más; la paloma araucana, algunos roedores y las colonias del cormorán imperial.
Ciervo Colorado
Entre los mamíferos, el huemul es la especie que mayor atención merece ya que se halla en peligro de extinción; por el mismo motivo vale destacar al huillín o lobito de río, especie endémica de la región andino patagónica y único representante de una familia más numerosa es el monito del monte.
También es de interés la preservación del pudú, considerada a nivel nacional como “vulnerable” y que habita los faldeos boscosos de la costa norte del lago Traful.
En cuanto al manejo de la fauna en el territorio nacional y los Parques Nacionales, esta dada por el hecho que las especies nativas (acuáticas y terrestres) están protegidas al 100% en jurisdicción de Parques Nacionales, debido a la misión de estos de tratar de mantener áreas del territorio protegidas, en un estado lo más natural posible, para asegurar la conservación de sus rasgos físicos, junto a su flora y su fauna.
Las únicas excepciones a la práctica de la caza en un parque nacional están dadas por algunas especies exóticas que son causas del deterioro de los sistemas ecológicos que los Parques Nacionales tratan de conservar. Un ejemplo de ello es la caza deportiva del ciervo colorado.